武漢市衛生局是武漢市政府局級行政職能部門單位。職能包括衛生應急的職責；承擔醫藥衛生實驗室生物安全監督管理的職責。對全市醫療服務、醫療機構監督管理的職責;以及加強深化醫藥衛生體制改革，堅持公共醫療衛生的公益性質，堅持預防為主、以農村為重點、中西醫并重的方針，堅持為人民健康服務的方向的職責。